学狂人“格里梅尔”进行Xenon改造的实验室意外被反抗者组织发现，反抗者教官“吉格蒙特”、“贝尔”、“韩利泰”等人潜入其中调查但被察觉，吉格蒙特被俘。
(另注：从格里梅尔的对话中看，Xenon剧情发生在格里梅尔背叛奥尔卡之前。)
与诸名昔日好友的见面使得施加在Xenon身上的记忆封印出现波动，为了找回从前的记忆，Xenon在宠物“鲁提”的帮助下带“吉格蒙特”逃离实验室来到反抗者基地。(“反抗者-尖兵”职业开放)
为了避免科学狂人“格里梅尔”的追踪，Xenon以大部分力量丢失的代价借宠物“鲁提”的帮助解除了格里梅尔放置于自己体内的监控装置。
Xenon的身份逐渐被“吉格蒙特”、“贝尔”、“韩利泰”、“切齐”等人意识到，但由于体内特殊脉冲信号仍会被科学狂人“格里梅尔”察觉，为了防止伙伴再受伤害，Xenon不得不尽快离开了埃德尔斯坦。

辗转于Maple世界和Gladys世界的Xenon在躲避科学狂人“格里梅尔”派遣追捕自己的破坏兵器“维丽尔”的过程中对于新的Maple世界也逐步有所了解。
反抗者下属的秘密研究机构“维利塔斯”的科学家们的帮助下，抑制脉冲信号的装置被安放于世界各地，Xenon逐步摆脱了科学狂人“格里梅尔”的追踪。
出于对Xenon在创造者“格里梅尔”眼中地位高于自己却又背叛的愤怒，“维丽尔”相约与Xenon展开最后决斗，但由于实力差距而不敌，在之后交谈中，Xenon对于维丽尔给予理解并邀请她随自己一同与格里梅尔决裂，但被其回绝，后维丽尔离开。
Xenon受托调查“黑色之翼”组织时与其干部巨人长官“塔高斯”、人偶师“弗朗西斯”遭遇，击败二人后Xenon在与弗朗西斯也发现“格里梅尔”对军团长“奥尔卡”隐瞒有关自己实验的行为。
生命超越者“阿丽莎(世界树)”在长期沉睡后逐步恢复，为了重新了解当今世界的面貌，阿丽莎解除了其沉睡地点“鲁塔比斯”的部分结界并希望以此吸引部分岛民进入以进行交流，然而其漏出的气息却抢先被黑魔法师感知(超越者之间的力量会使其互相吸引)，为了夺取生命超越者的力量，在黑魔法师指令下，军团长“戴米安”带领部下入侵鲁塔比斯并破坏了守护结界且成功俘获了阿丽莎。由于阿丽莎的力量没有完全复苏，戴米安在黑魔法师协助下对世界树施加了封印从而使其无法离开鲁塔比斯并无法使用自己的力量，以待阿丽莎力量全部恢复后由黑魔法师完全夺取，并派驻了以“贝伦”为首的四名封印守护者协助看管。
由于鲁塔比斯隐蔽气息的结界被破坏使得其位置也随后被冒险岛联盟掌握，并随后派出先遣队前往调查。在鲁塔比斯内部，联盟成员与生命超越者“阿丽莎”并达成同盟关系，随后将阿丽莎正处于危险之中的情报带回圣地。
综合考虑到生命超越者“阿丽莎”在上古之战中给予的帮助和其拥有的力量能成为对抗黑魔法师的有力支持，冒险岛联盟在圣地谋士“南哈特”的决议下决定立即着手解除对阿丽莎的封印，鲁塔比斯战役开始。

以双弩精灵“Mercedes”、“恶魔猎手”和诸多杰出冒险家与“飞花院”组织旗下的暗影双刀们组成的联军进入鲁塔比斯，并随后与军团长“戴米安”和其麾下的四名封印守护者交战。
由于鲁塔比斯处于联盟兵力集中点的维多利亚大陆中央而无法获得足够的兵力支持，军团长“戴米安”不敌联盟的正面进攻而战败，四名封印守护者阵亡，戴米安随后逃离，生命超越者“阿丽莎”的封印得以解除。
在圣地方面的邀请下，生命超越者“阿丽莎”离开鲁塔比斯并允诺在之后与黑魔法师的抗争中再度给予帮助，后如居圣地以继续回复力量。
鲁塔比斯战役以冒险岛联盟胜利而结束。
已经阵亡的四名封印守护者被军团长“戴米安”复活后离开鲁塔比斯。